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Für die Prüfung der Verträglichkeit eines Vorhabens mit FFH-Gebieten und Vogelschutzgebieten (auch als Natura 2000-Gebiete bezeichnet) ist ein gesondertes Gutachten zu erstellen. Darin ist von der Vorhabenträgerin darzulegen, ob und inwieweit die Schutzgebiete betroffen sein können. Die Prüfung kann sich dabei stufenweise unterteilen in eine FFH-Vorprüfung (Stufe 1) und in eine FFH-Verträglichkeitsprüfung (Stufe 2). Lassen sich in der FFH-Vorprüfung Beeinträchtigungen der Schutzgebiete nicht ohne jeden vernünftigen Zweifel ausschließen, ist eine vertiefte FFH-Verträglichkeitsprüfung durchzuführen. Kriterium der Prüfung ist die Einhaltung der festgelegten Erhaltungsziele des jeweiligen Schutzgebietes. Sind erhebliche Beeinträchtigungen auch mit Durchführung von Vermeidungsmaßnahmen (sog. Schadensbegrenzungsmaßnahmen) nicht zu verhindern, ist das Vorhaben nur durch ein Abweichungsverfahren zulässig, d. h. es sind das überwiegende öffentliche Interesse sowie die Alternativlosigkeit zur Umsetzung des Vorhabens nachzuweisen. Dabei sind auch Maßnahmen zum Ausgleich der erheblichen Beeinträchtigungen der Erhaltungsziele festzulegen (sog. Kohärenzsicherungsmaßnahmen).